システム担当者が文脈を検証しないのが、そもそもの問題だと思います。
抽出は機械的に行われるわけですから、当然融通がきかないことも多いですしね。
そこで人によるチェックを入れることは必要なことだと思います。
今回の事例に限らず、人はPCなど機械のチェックが100%正しいと思い込むことが往々にしてあります。
システムももともとは人が構築したものですし、そこにヒューマンエラーがあれば当然不具合も内包されるでしょう。
長年の経験で培われた人の直感を活用することは、何もアナログな話ではなくて、相互補完によるリスクの最小化という意味では合理的な話だと思います。