一部中小企業の資金繰りに影響が出るのではないかと思いますけどね

資金調達という観点では、そう変わりはないと思います。
120日などといった長いサイトの手形であっても、手形を発行する企業に信用力があれば、金融機関で手形割引をして資金を調達すればいい話ですし。
問題はその手形割引の利息がどれほど企業の資金繰りに影響するかという話ですが、今の低金利の状況下で影響は少ないと思います。

むしろ、下請法は資本金が基準なので、一部の資本金が大きな中小企業の資金繰りに影響が出るのではないかと思います。
中小企業基本法における中小企業の定義は下記の通りで、下請法の親事業者とは異なりますしね。*1

製造業その他…資本金の額又は出資の総額が3億円以下の会社又は常時使用する従業員の数が300人以下の会社及び個人
卸売業…資本金の額又は出資の総額が1億円以下の会社又は常時使用する従業員の数が100人以下の会社及び個人
小売業…資本金の額又は出資の総額が5千万円以下の会社又は常時使用する従業員の数が50人以下の会社及び個人
サービス業…資本金の額又は出資の総額が5千万円以下の会社又は常時使用する従業員の数が100人以下の会社及び個人

企業間の力関係に大企業も中小企業もないと言われればそれまでですが、政府として中小企業に勤務する従業員の給与アップを目指すのであれば、もっと助成金などといった手法がとれるでしょう。
まあ、今の内閣にそのような支出一辺倒な施策を行う度胸はないと思いますが。
もう少し政府一丸となった施策を考えるべきだと思いますけどね。