マイナンバーで副業はバレませんが

個人的にはアフィリエイト収入は全然無いので、あくまでも興味本位ですが。
確かにマイナンバーそのもので副業がバレることはないですが、副業収入を給与所得で得ている人は、市区町村への確認は必要でしょうね。
副業分の住民税が上乗せされた住民税の決定通知書がメインの勤務先へ行かなければ良い話なので。

アフィリエイト収入の無申告は結構ありそうですね。
アフィリエイトの設定をしている人は、年間どのくらい収入があるかだけでも把握しておいたほうが良いでしょうね。